組合の活動方針は、1年に1回開かれる定期全国大会で決定されます。
定期全国大会（以下、全国大会）は組合員全体の意見・要望をまとめる全日通の最高決議機関で、毎年7月に開かれます。ここでは、職場討議〜支部討議〜ブロック討議を経て集約された組合員の意見・要望をもとに、運動方針や組合運営のための予算、中央役員の決定などが行われます。
また、全国大会で決まった運動方針にもとづき、賃上げなどの重要な取り組みの具体化のために、中央委員会が開かれます。
なお、運動方針を組織の先頭に立ち、実行していくために、全国大会で選出された中央役員で中央執行委員会が構成されています。中央執行委員会は、次の4つの専門部を設けて仕事を担当しています。
- 組織文化部 … 組織の強化・拡大、組合員の教育、機関紙(誌)の発行など
- 労働・福祉部 … 労働協約、賃金、安全・衛生、福祉関係など
- 経営・政策部 … 会社施策や交通・運輸政策などに関する検討と対策など
- 総務財政部 … 組合費の管理、運営など
